Runhang Shu

神秘细菌

匿名投稿 / 2023-07-14


由于最近气温升高,暴饮暴食,小猫的眼角出现了一些脓菌感染。我用棉签蘸上了感染部位,以公谋私,带到实验室进行实验。

首先,我把棉签浸渍在1毫升的营养丰富的液体里,得到了细菌悬浮液。然后按照1:100000和1:1000000稀释,将80毫升转移到了营养液做的“果冻”培养基上,这样24小时过后,就可以观察到细菌一簇一簇的长在了我的营养果冻上。 我观察到1:10^5稀释有接近600个菌落,由此可以计算得出,我最开始的1毫升悬浮液里有,600x10^4x1000/80 = ~10^8也就是1亿个细菌!

挑取细菌进行培养,然后放在高温100度下去溶解细菌的细胞膜,遗传物质DNA由此渗透出来。

我暂且命名这个细菌为Mst1,我还提取了上清液,想看看此菌株有没有释放噬菌体。

发现凶手 - 金黄色葡萄球菌 (Staphylococcus aureus)

如果你要侦探出一位嫌疑人是谁,你不一定要有这个人的全身照,你仅仅需要的是他身体的某个特征,比如脸部识别,或者指纹。细菌的“全貌”有几百万个碱基对,我们同理不需要对这么多基因进行测序,所有细菌都拥有16s核糖体基因,这段基因差不多有1500个碱基,相当于细菌的指纹。我于是设计好了一段“万能”引物序列,它能扩增所有细菌都共同拥有的核糖体序列。接下来,我再把扩增出来的这段1500长度的DNA序列放在琼脂上进行电泳。提纯后,送到位于圣地亚哥的Genewiz去测序,最后通过数据库进行对比,侦探出此细菌到底是什么来路。

细菌的指纹

>Mst1-16s_27F_H07.ab1
NNNNNNNNNNNNCNANNNTGCAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAA
CACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGG
TTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTAC
CAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGG
CAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAA
AACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAAC
TACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTT
TTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAG
TGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACT
GACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGT
GTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCANGGTTGAAAC
TCAAAGGAATTGACNGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATC
TTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTNNGNN

有了以上这一段大约1000碱基对的序列,我就可以去基因数据库对比检索这到底是哪一个细菌的序列。通过手动检索,我发现凶手就是大名鼎鼎的金黄色葡萄球菌 (Staphylococcus aureus)。这种细菌在显微镜下看起来像一串串的葡萄,由此得名。最令人闻风丧的的菌株要属于MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus),这种菌株对新型青霉素都产生了很严重的抗性。

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